
Klaus Mainzer studierte Mathematik, Physik und Philosophie. Er absolvierte seine Promotion und Habilitation für Philosophie in Münster und erhielt 1980 das Heisenbergstipendiat.
Er war von 1981 - 88 Professor für Philosophie und Grundlagen der exakten Wissenschaften und von 1995 - 98 Dekan und Prorektor der Universität Konstanz. Von 1988-2008 hatte er den Lehrstuhl für Philosophie und Wissenschaftstheorie an der Universität Augsburg inne und wirkte als Direktor des Instituts für Philosophie und des Instituts für Interdisziplinäre Informatik an der Universität Augsburg.
Seit 2008 hat er den Lehrstuhl für Philosophie und Wissenschaftstheorie an der Technischen Universität München und ist Direktor der Carl von Linde-Akademie der an der Technischen Universität München.
Klaus Mainzer ist Mitglied u.a. der European Academy of Science (Academia Europaea) in London und Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für komplexe Systeme und nichtlineare Dynamik. Er ist Sprecher der Deutsch-Japanischen Gesellschaft für integrative Wissenschaft (Leibniz-Gemeinschaft) sowie Gastprofessor in Brasilien, China, Indien, Japan, Korea, Russland, USA und verschiedenen Ländern der EU. Er ist Mitherausgeber u.a. des International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences (World Scientific: Singapore) und der Advanced Science Letters (American Scientific Publishers).